Nous avons créé un outil qui effectue une analyse GWAS des interactions gènes-environnement pour les SNP et SNP imputées non imputées. Au lieu d'utiliser PLINK pour effectuer les régressions logistiques ou le modèle linéaire généralisé, nous avons utilisé le module R de PLINK pour les analyses de SNP non imputées. Pour les SNP imputées, nous avons uniquement utilisé R pour réaliser les tests statistiques. Pour les deux SNP imputées et non imputées, nous avons utilisé un script BASH pour distribuer les analyses sur SGE et rassembler les résultats après l'analyse.
Le script a été créé en utilisant bash, Perl et R sur un poste de travail Linux et a été testé sur Linux uniquement.