Nous avons créé un programme qui génère automatiquement les fichiers d'entrée pour Alohomora_m. Le programme, Chip2Spell, prend en entrée un fichier de génotypes et des fichiers d'annotation publiquement accessibles et crée le fichier de génotype, le fichier de positionnement génétique et le fichier de fréquence utilisé par Alohomora. Le programme est particulièrement utile si le fichier de positionnement génétique ou le fichier de fréquence pour une plateforme donnée ne sont pas stockés dans la bibliothèque d'Alohomora. De plus, il est aussi un moyen rapide et efficace pour convertir les fichiers par défaut d'Affymetrix ou d'Illumina au format AB demandé par Alohomora. Les dernières puces d'Affymetrix et d'Illumina sont spécifiquement prises en charge, mais il est également possible d'utiliser Chip2Spell avec des puces plus vieilles.
Chip2Spell a été implémenté en utilisant Perl version 5.8.8 sur un poste de travail Linux et a été testé sur Linux ainsi que Windows XP et Vista.